Elle fut celle dont le culte eut la plus grande longévité puisque son temple de Philae fut, dans le monde antique, le dernier édifice païen à fonctionner, jusqu'au règne de Justinien (VIe s. apr. J.-C.) qui en ordonna la fermeture.

Femme et sœur d'Osiris

Dans le panthéon égyptien, cette déesse, représentée sous la forme d'une vache qui soutenait le symbole de la lune, entra dans la mythologie en tant que sœur et femme d'Osiris, et mère du dieu solaire Horus. Initialement, elle était représentée comme une femme portant sur la tête le siège qui servait à écrire son nom; à la Basse-Époque, de très nombreuses images la montrent, coiffée des cornes et du disque solaire d'Hathor, tenant l'enfant Horus (ou Harpocrate) sur ses genoux.

Seth, jaloux de son frère Osiris, le tua, le dépeça, et jeta les morceaux de son corps dans le Nil. Lancée à la recherche de son époux, Isis retrouva les restes épars aux abords du delta du Nil. Aidée du dieu-chacal Anubis, elle entreprit de rassembler les différentes parties du corps d'Osiris en l'entourant avec des bandelettes, puis elle s'unit à lui. De cette union naquit Horus, à qui revint la mission de venger son père. (Voir Osiris)

Dans la légende osirienne (très ancienne puisqu'elle apparaît dès les Textes des Pyramides, Ve-VIe dynasties), Isis, épouse d'Osiris et mère d'Horus, apparaît comme la plus fidèle des compagnes et la plus dévouée des mères. Grande magicienne, ayant permis la résurrection d'Osiris, elle fut une déesse funéraire. Par son rôle auprès d'Horus, qu'elle sauva des morsures d'animaux venimeux et qu'elle déroba aux recherches des partisans de Seth, elle devint une déesse protectrice des mères et des enfants. Son culte devint si populaire qu'Isis assimila peu à peu des traits des déesses qui lui ressemblaient, élargissant son domaine à celui du mariage, de la fertilité, de l'agriculture...

Son temple le plus connu, car il nous est parvenu presque intact, est celui de Dendérah, mais on a retrouvé de nombreuses tombes de vaches sacrées, comme à Aphroditopolis, ville consacrée à la déesse (près de Meidoum). À la Basse Époque, Hathor fut parfois identifiée à Isis, qui était alors représentée la tête ornée de cornes en forme de lyre, entre lesquelle elle porte le disque solaire, et à l'époque ptolémaïque, à Aphrodite (mammisi de Ptolémée VIII Évergète II, à Kom Ombo). Enfin, on connaît un groupe de «sept Hathors» qui assistait aux accouchements et fixait le destin du nouveau-né.